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单细胞RNA测序来生成预测性细胞类型特异性分裂,PCR-Clean助力科研

更新时间:2023-08-04  |  点击率:226

细胞类型特异性工具有助于识别和功能表征不同的细胞类型,形成复杂的神经元回路。果蝇现有的大量遗传工具依赖于增强子活性来标记不同的细胞亚群,并且在分析成人的功能回路方面非常有用。

 

德国MB公司的PCR Clean,清除分子实验过程中的DNARNADNA酶、RNA酶污染。

 

然而,这些基于增强子的GAL4系通常不能反映附近基因的表达,因为它们只代表了全部基因调控元件的一小部分。虽然诸如分裂- gal4系统等基因交叉技术进一步提高了细胞类型特异性,但它需要大量的时间和资源来通过增强子表达模式的组合进行筛选。

 

近日,研究人员使用现有的发育单细胞RNA测序(scRNAseq)数据集来选择分裂- gal4的基因对,并提供一个高效和预测的管道(scMarco)来生成细胞类型特异性的分裂- gal4系,在任何时候在发育过程中,基于天然基因调控元件。这些基因特异性的分裂- gal4系可以从大量编码内含子MiMIC/CRIMIC系或CRISPR敲入中产生。我们使用发育中的果蝇视觉系统作为模型来证明scRNAseq引导的基因特异性分裂- gal4系在靶向已知细胞类型、注释scRNAseq数据集中的簇以及识别新细胞类型方面的高预测能力。

 

最后,基因特异性分裂- gal4系广泛适用于任何其他果蝇组织。研究人员的工作为生成细胞类型特异性工具开辟了新的途径,用于在整个发育过程中靶向操纵不同的细胞类型,并为果蝇社区提供了宝贵的资源。