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11种肿瘤类型癌变过程中的表观遗传调控,PCR-Clean助力科研

更新时间:2023-11-26  |  点击率:233

核酸相关研究需要对环境中的核酸污染进行控制,以确保实验结果的稳定和实验数据的准确。德国MB公司的核酸污染祛除试剂——PCR Clean,即用型核酸污染清除试剂,高效清除DNARNA及核酸酶的干扰。

 

染色质去浓缩,以及与随后的转录机制结合的时空动力学,在癌症的发病转变(如起始、进展和转移)中具有重要但尚未了解的作用。

 

表观遗传调控影响基因表达、谱系测定、细胞-细胞相互作用和治疗耐药性。与体细胞突变等遗传驱动因素相比,表观遗传驱动因素的定义不太明确。然而,它们可能通过富集类型的分析来识别,类似于发现驱动基因的方式。了解它们与遗传和环境因素的相互作用也至关重要。最近证实了KRAS突变和胰腺上皮组织损伤之间的相互作用,这种相互作用重塑了染色质,产生了有利于癌症的转录活性。

 

科研人员认为表观遗传驱动因素是与癌症发生、进展和转移相关的调控元件或转录因子(tf)的活性,通常通过与遗传驱动因素的相互作用。有可能这种表观遗传驱动可以解释以前未知的致瘤机制。

 

转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)是一种快速、灵敏的表观基因组分析方法。先前的研究已经获得了一些癌症的ATAC-seq结果,其总体水平是肿瘤内不同细胞类型的平均值。

 

最近单核ATAC-seq (snATAC-seq)的发展为检查单细胞表观基因组提供了更大的分辨率。将snATAC-seq与单核RNA测序(snRNA-seq)结合,可以同时分析同一细胞的表观基因组和转录组,从而直接分析染色质可及性和基因转录之间的关系。我们构建了从200多例患者中获得的11种主要癌症类型的综合多基因组图谱。大量的样本和相当多的癌症类型和状态(例如,正常、原发性和转移性)的代表性为研究癌症的表观遗传驱动因素提供了良好的动力队列。

 

科研人员提供了谱系特异性和癌症特异性细胞群的统一图谱,差异可及的增强子和启动子,表观遗传调节的癌症相关基因和在主要癌症转变中重要的tf。尽管其中一些驱动因素和转录程序与多种癌症类型的转变有关,但其他一些则表现出高度的癌症类型特异性。

 

研究发现,在相同的途径中,表观遗传变化和基因突变之间的相关性在各种癌症类型中都存在,这表明在癌症过渡程序中存在许多合作的实例。这项研究强调了tf作为预后标志物的潜力,提供了对驱动癌症进化的分子基础的更深入的理解。