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肿瘤免疫的泛癌蛋白基因组学表征,Ausbian新生牛血清主力细胞学研究

更新时间:2024-02-23  |  点击率:186

肿瘤细胞培养,需要动物血清的参与。多数情况下,新生牛血清即可满足大部分肿瘤细胞生长繁殖的营养需求。Ausbian进口新生牛血清,内毒素含量低,通过各类无菌检测。

 

肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)是肿瘤生态学的一个关键组成部分。肿瘤内的免疫细胞和基质细胞可以以一种依赖于环境的方式促进和限制恶性状态。了解癌症免疫微环境可以揭示如何利用患者的免疫系统进行抗癌治疗。

 

为了更广泛地探索TME,科研人员使用nci支持的临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)的泛癌症蛋白质基因组数据集检查了来自10种癌症的1,056个肿瘤样本这个多组学数据集包括基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组学数据。后者包括基于质谱的相对蛋白质丰度定量和翻译后修饰。虽然已经探索了使用高维多组学数据关注癌症免疫的多种泛癌症分析,但这项工作通过整合从深层蛋白质组学样品表征中获得的新见解,推动了该领域的发展。

 

采用新颖的算法来解剖肿瘤微环境,同时考虑RNA和蛋白质的表达,科研人员阐明了肿瘤分子微环境,探索了与其功能相关的途径,并将其与临床结果联系起来。尽管10种癌症之间存在许多差异,但分析揭示了7种泛癌症免疫亚型。这表明了癌症患者免疫反应的共同分子指纹。汇总的泛癌症多组学数据的大样本量使科研人员能够检测与每种免疫亚型相关的大量基因组,表观遗传学,转录组学和蛋白质组学变化。将深度磷酸化蛋白质组学与激酶富集分析工具相结合,科研人员表征了不同免疫亚型中的激酶活性,揭示了已知和潜在的新靶点。此外,机器学习算法应用于数字病理苏木精和伊红(H&E)染色图像显示免疫亚型与淋巴细胞浸润的直接可视化之间存在相关性。

 

该项工作促进了对肿瘤所采用的多种免疫激活和逃避策略的理解,为潜在的免疫治疗策略提供了线索。两个专门的用户友好的web服务器门户网站配合这项分析,将有助于进一步探索在这项工作和相关工作中产生的丰富数据资源。

 

相关研究发表在《Cell》上,文章标题为:“Pan-cancer proteogenomics characterization of tumor immunity"。